V letech 1612 – 1634 nevyhovující tvrz nechává přestavět Jan Rudolf Trčka z Lípy v prostorný reprezentativní trojkřídlý renesanční zámek. Během této přestavby došlo k podstatnému rozšíření původních prostor a určení základních dispozic dnešní stavby. Zámek byl roku 1634 společně s celým panstvím zkonfiskován.
Stav po třicetileté válce komentuje August
Sedláček takto: „Za těchto dob byla tvrz ve tři úhly pokojův zvýši od kamene dobře vystavěna a ve čtvrtém úhlu toliko kuchyně jest, však v pokojích větší díl kamen a oken potlučeno a pobráno jest. 2)
Ve 2. polovině 17. století začíná se stavitelskými aktivitami hrabě Arnošt Ferdinand Leopold de Suys. Stavbu vedl pro Ferdinanda de Suys a jeho manželku Kláru Františku roz. hraběnku z Thunu hradčanský stavitel Kryštof Lehner. Po smrti hraběte Ferdinanda stavbu dál financuje jeho manželka, která na kounickém zámku pobývá se svým nezletilým synem. Kryštof Lehner stavbu obnovil a rozšířil o čtvrté křídlo, ale dílo úplně nedokončil.
1) kol. autorů: Hrady, zámky a tvrze v Čechách, na Moravě a ve Slezsku, Východní Čechy,Praha, Svoboda 1989, s. 221-222. Kolektiv autorů této publikace vychází z toho, že v Kounicích tvrz nebyla, a Jiřík Wachtl započal s úplně novou stavbou. Vyloučit to nemůžeme, protože první písemná zmínka o tvrzi pochází právě z tohoto období. K tomuto názoru se také přiklání Pavel Vlček ve své knize.
2) Sedláček, A.: Hrady, zámky a tvrze království Českého,díl XV., Praha 1927,s. 178-179.
s volutovými konsolemi, nahoře s prohnutou římsou na níž po stranách stojí vázy.
V této době pro hraběte Morzina pracoval stavitel Jan Blažej Santini – Aichl, je možné, že se na úpravách zámku také podílel. Další významnou osobností, která obohatila svými uměleckými díly zámek v Kounicích, byl Ferdinand Maxmilián Brokoff. Ten zhotovil dvě sochy mouřenínů, které byly umístěny při vjezdu do zámku.1) Během těchto stavebních úpav v 18. stol. byl zámek také opatřen barokní hranolovitou věží s hodinami a lucernovou střechou. Ve vnitřním dvoře zůstal zachován pouze na jedné straně přízemní renesanční arkádový ochoz, s klenutými, valenými klenbami.V průběhu let 1772 – 1924 příslušel zámek Liechtensteinům. Zámek byl obýván jen výjimečně, sloužil hlavně pro hospodářské úřady velkostatku. V tomto období nebyly zaznamenány významné stavební úpravy. K větším adaptacím došlo v letech 1912 – 1913. Provedl je architekt Alfons Wertmüller.
s geometrickými štukaturami, zejména různě tvarovanými zrcadly.1) Po požáru obec nechala zámek znovu zastřešit a do průčelí byla znovu umístěna věž. Pro nedostatek financí byla rekonstrukce zastavena a k dalším pracím nedošlo. Velký barokní dvůr za zámkem byl ve 20. století ve značné míře nahrazen novostavbami.
1) V roce 1965 byly sochy uloženy do sbírek Národní galerie v Praze a na zámku nahrazeny kopiemi. Během těchto stavebních úprav v 18. století byl také zámek opatřen barokní hranolovitou věží s hodinami a lucernovitou střechou, která byla umístěna nad vstupním portálem, a sdruženými pravoúhlými okny. Ve vnitřním dvoře zůstal zachován pouze na jedné straně přízemní arkádový ochoz, sklenutý valenými klenbami.